强直性脊柱炎的病因目前尚未完全阐明，大多认为遗传、感染、免疫环境因素等有关
　　1.家族遗传：遗传因素在强直性脊柱炎的发病中具有重要作用。据流行病学调查，强直性脊柱炎病人HLA-B27阳性率高达90％～96%，而普通人群HLA-B27阳性率仅4%～9%；HLA-B27阳性者强直性脊柱炎发病率约为10%～20%，而普通人群发病为1‰～2‰，相差约100倍。国内调查强直性脊柱炎一级亲属患病率为24.2%，比正常人群高出120倍。HLA-B27阳性健康者，亲属发生强直性脊柱炎的机率远比HLA-B27阳性强直性脊柱炎病人亲属低。所有这些说明HLA-B27在强直性脊柱炎发病中是一个重要因素
　　2.感染 近年来研究提示强直性脊柱炎发病率可能与感染相关。在强直性脊柱炎活动期中肠道肺炎克雷白菌的携带率及血清中针对该菌的IgA型抗体滴度均较对照组高，且与病情活动呈正相关。有人提高克雷白菌属与HLA-B27可能有抗原残期间交叉反应或有共同结构，如HLA-B27（宿主抗原残基72至77）与肺为克雷白菌（残基188至193）其有同源性氧基酸序列，其他革兰阴怀菌是否有抗体与这种合成的肽序列结合，HLA-B27阳性强直性脊柱炎病人有29%，而对照组仅5%。83%男性强直性脊柱炎病人合并前列腺炎，有的作者发现约6%溃疡性结肠炎合并强直性脊柱炎；其他报道也证实，强直性脊柱炎的病人中溃疡性结疡炎和局限性肠炎发生率较普通人群高许多，故推测强直性脊柱炎可能与感染有关。
　　3.自身免疫 有人发现60%AS病人血清补体增高，大部分病例有IgA型类湿因子，血清C4和IgA水平显著增高，血清中有循环免疫复合物（CIC），但抗原性质未确定。
　　4.其它： 创伤、内分泌、代谢障碍和变态反应等亦被疑为发病因素。总之，目前本病病因未明，尚无一种学说能完满解释强直性脊柱炎的全部表现，很可能在遗传因素的基础上的受环境因素（包括感染）等多方面的影响而致病。